Prasat Baan Panna werd gebouwd in de 18e boeddhistische eeuw volgens de koninklijke ambities van koning Jayavarman VII om te dienen als een "Arokayasala", of gemeenschapshospitaal, langs de oude route. Dit werd gedreven door Mahayana boeddhistische overtuigingen gericht op het verlichten van lijden en ziekte voor de mensen in verschillende steden van het oude Khmer-koninkrijk.