Shitenno-ji heeft een unieke rechte lay-out waarbij de Saijumon (Middelste Poort), Gojunoto (Pagode met vijf verdiepingen) en Kondo (Gouden Hal) perfect zijn uitgelijnd. Dit oude ontwerp is al 1200 jaar onveranderd gebleven. De Kondo dient als het spirituele centrum en herbergt de Kyuse Kannon, een manifestatie van de stichter van de tempel.