Jodo-in werd aan het einde van de 15e eeuw (Muromachi-periode) opgericht om de tempel te doen herleven na perioden van verval, en werd de belangrijkste residentie voor de monniken. Het herbergt verschillende belangrijke culturele goederen, waaronder de Shoin (salon), die verfijnde architectuur laat zien uit de overgangsperiode tussen de Momoyama- en Edo-tijdperken.