De architectuur van de Honden wordt gedefinieerd door zijn iconische Nagare-zukuri (stromende) stijl, met een asymmetrisch, gebogen dak dat naar voren uitsteekt om de heilige veranda te beschermen. Het verweerde dak van cipressenschors en de in elkaar grijpende houten verbindingen tonen het oude Japanse vakmanschap dat is ontworpen om de interne triade van heiligdommen te beschermen zonder een enkele spijker te gebruiken.